Una de las primeras acciones de Hermann Von Salza tras ascender a Gran Maestre de los Caballeros Teutónicos fue comandar en 1211 una expedición militar en Transilvania que tenía como objetivo ayudar al rey de Hungría, Andrés II, a defender sus tierras de los invasores Cumanos, tribus nómadas de origen Turco provenientes de Ucrania que se habían asentado en el este de Hungría.

Los Caballeros Teutónicos se asentaron en el feudo de Burzenland (o Wurzenland) en la frontera este del reino de Hungría para pacificarlo y cristianizarlo de nuevo. Sin embargo, los Caballeros Teutónicos fueron más allá de la labor encomendada y colonizaron la zona con campesinos alemanes, convirtiendo el feudo en un estado casi independiente. Esta situación enfureció al rey Andrés II, que en 1225 ordenó la expulsión de los caballeros Teutónicos, permitiendo no obstante quedarse a los colonos y campesinos.

Descontento con esta expulsión que consideraba injusta, Hermann Von Salza decidió no emprender mas acciones militares hacia el Este de Europa hasta que el Papa y el Sacro Imperio Romano Germánico se comprometieran a reconocer el derecho de la Orden a poseer las tierras conquistadas a los paganos. Como hemos visto anteriormente, la intensa labor diplomática de Hermann Von Salza le granjeó el apoyo incondicional del Imperio Alemán y tras obtener el apoyo del Papa solo se necesitaba un motivo oficial para que los Caballeros Teutónicos cabalgaran hacía el Báltico.

El motivo apareció cuando el duque Polaco Conrado I de Mazovia pidió ayuda a los Caballeros Teutónicos para luchar contra los paganos de origen eslavo que habitaban la mayor parte de Prusia. Hermann Von Salza se comprometió a ayudar al duque a defender sus tierras a cambio de que éste cediera a la Orden el territorio de Kulm, (actual Chelmo) ubicado en la ribera del Vístula, fue excepcional base de operaciones desde la que expandirse hacia el Este y conquistar toda Prusia.

Tras llegar a un acuerdo con el duque de Mazovia, en 1230, Herman Von Salza envió una expedición de 20 caballeros y 200 sargentos comandados por el hermano comandante Hermann Balke para iniciar las primeras operaciones militares. Con la ayuda de miles de guerreros cruzados, mayormente alemanes y polacos, Hermann Balke inició una campaña militar basada en pacificar el territorio de Kulm y fortificar la línea defensiva del río Vístula construyendo una serie de fortificaciones en los principales lugares estratégicos. Se construyeron fortalezas en Kulm, en Merienwerder, en Thorn y en Elbing. Estas fortalezas no solo eran claves para la defensa sino que también eran bases desde las que la Orden Teutónica podía lanzarse a la conquista del resto de Prusia.

Pese a que en combate abierto, los Caballeros Teutónicos y sus auxiliares cruzados se habían impuesto con facilidad a los prusianos, la campaña de Kulm había sido sumamente dura. La población local rehuía el combate frontal para lanzar continuas emboscadas en las que muchos cruzados resultaban muertos y heridos o eran capturados para ser sacrificados en los altares donde los barbaros glorificaban a sus dioses. El destino de los caballeros que caían prisioneros era aun peor pues solían ser arrojados al fuego con la armadura puesta para que se cocinaran dentro. Pese a la dureza de la campaña, los Caballeros Teutónicos no se dieron por vencidos y se dedicaron a lanzar ofensivas de castigo contra las zonas rurales, masacrando a todo aquel que no abrazara el cristianismo. Para los paganos solo había una opción, sumisión o muerte.

La Bula de Oro de Rímini fue una bula sancionada por el emperador Federico II Hohenstaufen en marzo de 1226, en su corte de Rímini, que confería al gran maestre Hermann von Salza la autoridad para gobernar como parte del Sacro Imperio Romano Germánico, además anexaba Prusia Oriental como prolongación de las tierras imperiales con los Teutónicos. Fue el primero de tres documentos similares; le siguieron el Tratado de Kruschwitz en 1230 y la Bula Papal de Oro Rieti de 1234.

En 1235, cinco años después de iniciada la campaña, el Papa Gregorio IX emitió la Bula Dorada de Rieti, mediante la cual reconocía los territorios conquistados en Prusia como pertenecientes a la Orden de Caballeros Teutónicos. Ese mismo año la Orden de los Caballeros de Dobrzyń, una pequeña orden de cristianos prusianos formada bastantes años atrás para combatir contra las invasiones de paganos y que había sido casi aniquilada, fue absorbida por Los Caballeros Teutónicos, pasando sus tierras y títulos a éstos.

Al año siguiente, 1236, la Orden de los Hermanos de la Espada, de Livonia, (Letonia) en el Báltico Oriental, sufrió una espantosa derrota a manos de los lituanos en la Batalla de Saule. Los restos de la orden fueron fusionados con los Caballeros Teutónicos como único medio para mantener Livonia en manos cristianas. Livonia pasaría a ser un feudo autónomo de los Caballeros Teutónicos, un territorio de gran importancia estratégica desde el que podían expandirse hacía Lituania y Rusia, lanzando nuevas cruzadas contra dichos territorios.

Ese mismo año de 1236 los Caballeros Teutónicos recibieron también el compromiso de apoyo militar y logístico de Enrique III, margrave de Meissen gracias al cual pudieron avanzar hacia el norte del Vístula y conquistar Pomerania, fundando poco después la colonia de Lübeck.

En 1237, el Papa Inocencio IV promulgó una bula contra los paganos de Finlandia y los cristianos ortodoxos rusos del Principado de Nóvgorod (actual San Petersburgo, Rusia). Un ejército de cruzados suecos invadió Finlandia y avanzó hacía Nóvgorod. Sin embargo, Nóvgorod estaba gobernado por el joven príncipe Alexander Nevsky, un brillante líder y gran estratega militar que consiguió derrotar a los suecos en la Batalla del río Neva en 1240.

Mientras los suecos atacaban por el norte, Los Caballeros Teutónicos, acogiéndose a los términos de la misma bula papal de 1237, decidieron lanzar a su vez una cruzada contra el Principado de Nóvgorod, usando para ello el contingente de tropas que mantenían en su provincia de Livonia. La conquista de Nóvgorod era un botín muy apetecible para la Orden Teutónica pues su posesión les permitiría dominar en casi su totalidad el Mar Báltico.

Los Caballeros Teutónicos, al mando del obispo Hermann Von Dorpat, junto con sus auxiliares livonios avanzaron imparablemente hacía Nóvgorod desde el oeste y consiguieron conquistar la importante ciudad de Pskov en 1241. Ante esta situación, en 1242 el príncipe de Nóvgorod, Alexander Nevsky, avanzó con un vasto ejército para reconquistar Pskov y detener a los Caballeros Teutónicos. Ambas fuerzas se enfrentarían el 5 de abril de 1242 en la famosa Batalla del Lago Peipus, Estonia.

Los caballeros alemanes y sus aliados decidieron cargar contra el centro de las líneas rusas atravesando la superficie congelada del lago. Sin embargo, los guerreros alemanes estaban pesadamente acorazados y por ello tenían una gran dificultad para moverse sobre el lago y combatir a sus enemigos. Por su parte, las tropas de Nóvgorod combatían enfundados en armaduras ligeras que aunque les hacían más vulnerables también les permitían tener una gran movilidad y una mayor rápidez. Gracias a ello consiguieron moverse con gran soltura por el lago para flanquear y envolver a los Caballeros Teutónicos. Al verse rodeados por todas partes cundió el pánico y los guerreros católicos emprendieron una retirada que se convirtió en masacre al romperse el hielo en muchas partes del lago y caer los guerreros a sus heladas aguas.

Con esta gran victoria el joven príncipe Alexander Nevsky había asegurado la supervivencia del Principado de Nóvgorod y había detenido la ambiciosa expansión de los católicos europeos. En 1250, el Papa Inocencio IV abandonó la idea de convertir por la fuerza a los cristianos ortodoxos y decidió retomar las relaciones diplomáticas con Nóvgorod.

Para los Caballeros Teutónicos la derrota del Lago Peipus fue un duro golpe que frustraba sus ambiciones de dominar en su totalidad el Mar Báltico. Pero lo peor fue que el mito de su invencibilidad se había derrumbado y esto motivó que los prusianos recién conquistados aprovecharan la ocasión para rebelarse y sacudirse el yugo de los Caballeros Teutónicos. Por si fuera poco, varios de los nobles cristianos de Prusia se rebelaron también, aliándose con los paganos.

Estos nobles eran en su mayoría de origen polaco y su intención al aliarse con sus tradicionales enemigos paganos era independizar sus territorios del domino Alemán de la Orden Teutónica. El principal noble rebelde fue poderoso duque Swantopelk de Pomerania. Ante la gravedad de la situación, en 1243, mediante una nueva bula, el Papa Inocencio IV reconocía las nuevas diócesis en las que los Caballeros Teutónicos habían dividido sus territorios de Prusia: Kulm, Pomerania, Ermeland y Samland. Es decir, para disuadir de sus intenciones a los nobles rebeldes prusianos el Papa reconocía los derechos de propiedad que tenía la Orden Teutónica sobre Prusia, y los cristianos que se opusieran a esta bula se tendrían que enfrentar con el enorme poder de la Iglesia Católica.

La rebelión prusiana fue un desastre para los Caballeros Teutónicos, a las continuas emboscadas que sufrían a manos de los paganos prusianos se sumaban devastadores ataques a campo abierto realizados por las tropas de Pomerania. En 1244 los Caballeros Teutónicos fueron derrotados en la Batalla de Rensen y poco después los rebeldes lograron conquistar la mayoría de castillos y fortalezas de la Orden Teutónica.

Ese mismo año de 1244, los Caballeros Teutónicos establecidos en Tierra Santa participaron junto a las tropas nobiliarias y las órdenes militares de Templarios y Hospitalarios en la defensa de Jerusalén frente al ataque del sultán de Egipto. En la desastrosa Batalla de La Forbie, cerca de Gaza, los Caballeros Teutónicos de Tierra Santa fueron casi aniquilados, muriendo 397 de los 400 caballeros que participaron en la batalla. Templarios y Hospitalarios sufrieron también bajas similares y Jerusalén fue de nuevo conquistada por los musulmanes. Un duro golpe para la cristiandad y sobre todo para la Orden Teutónica, que atravesaba sus peores momentos tras ser derrotada en todos los frentes.

Las derrotas en Tierra Santa pese a su gravedad no eran ni la mitad de importantes para la Orden Teutónica que la pérdida de sus feudos en Prusia, así que fue allí donde se concentraron todos sus esfuerzos para mantener las tierras conquistadas en su poder. Al no poder imponerse militarmente a la alianza entre los paganos prusianos y los cristianos rebeldes de Pomerania, la Orden Teutónica recurrió a toda su fuerza diplomática para intentar romper dicha alianza.

Finalmente y tras arduas negociaciones, en 1248 el duque Swantopelk de Pomerania fue convencido por los enviados del Papa para dejar de ayudar a los paganos. Sin el apoyo del duque de Pomerania los rebeldes prusianos sabían que no tenían ninguna posibilidad de obtener la victoria y decidieron someterse. A comienzos de 1249 los rebeldes y los Caballeros Teutónicos firmaron el Tratado de paz de Christburg, mediante el cual los Caballeros Teutónicos otorgaban una considerable autonomía a los nobles de sus territorios y un mayor número de derechos civiles a todos sus súbditos que fueran cristianos o que se convirtieran al cristianismo.

En 1250 Prusia Occidental fue finalmente pacificada y los Caballeros Teutónicos se dispusieron a continuar su expansión avanzando contra Prusia Oriental y contra la provincia lituana de Samogitia que aislaba los territorios de Prusia con los de Livonia. Esta provincia tenía la única salida al mar del Ducado de Lituania, que en la época era el más poderoso territorio de Europa del Este que aún mantenía la religión pagana.

En 1252, la Orden Teutónica capturó la ciudad lituana de Kláipeda, cortando el único acceso de Lituania al mar y asestando así un duro golpe al gran ducado pagano. Poco después, el papa Urbano VI apoyó las pretensiones de conquista de los Caballeros Teutónicos convocando una cruzada contra los paganos de Prusia Oriental y en poco tiempo se formó un inmenso ejército de casi 60.000 cruzados, en su mayor parte alemanes y austriacos, comandados personalmente por el rey de Bohemia Ottokar II.

Este poderoso ejército avanzó imparablemente y para el año 1255 ya había conquistando casi toda Prusia Oriental. En agradecimiento por la ayuda prestada, ya que los cruzados habían conquistado la zona en tiempo record, la Orden de los Caballeros Teutónicos fundó la colonia de Königsberg (Montaña del Rey) en honor al rey de bohemia Ottokar II. A la conquista le siguió un aluvión de conversiones al cristianismo, ya que los Caballeros Teutónicos y el resto de cruzados solo daban dos opciones: conversión o muerte. La mayoría de los prusianos deseaban seguir viviendo en sus tierras y por ello se convirtieron al cristianismo de forma masiva.

Mientras el ejército cruzado se preparaba para la conquista de Prusia y viendo la amenaza que eso suponía para la pagana Lituania, el duque Mindaugas, gobernante de Lituania decidió convertirse al cristianismo en el año 1253 para evitar que los cruzados cayeran sobre sus tierras. Casi todas las provincias de Lituania siguieron el ejemplo del duque y sus habitantes se convirtieron a la fe cristiana. La única excepción fue la región de Samogitia, que decidió seguir con su religión y combatir contra los cristianos. Ante la situación, el duque Mindaugas autorizó a la Orden de Caballeros Teutónicos a luchar dentro del territorio lituano contra los paganos de Samogitia y supuestamente les concedió la propiedad de dicha provincia (los documentos en que aparece la cesión de Samogitia a la Orden Teutónica son considerados como falsos por bastantes historiadores).

Contra todo pronóstico, las tribus paganas de Samogitia derrotaron a los Caballeros Teutónicos en la Batalla de Skuodas en 1259 y al ejército cruzado en la Batalla de Durbe en 1260. Estas victorias decisivas detuvieron de forma definitiva el avance cruzado e hicieron que el duque Mindaugas decidiera regresar al paganismo y que forjara una alianza con el duque Alexander Nevsky de Nóvgorod para combatir contra los Caballeros Teutónicos. En 1263 Mindaugas fue asesinado y Lituania se sumió en un caos de luchas fratricidas entre los nobles que aspiraban a gobernar.

El final de la cruzada alemana y las victorias de los lituanos generaron que una vez más, los paganos prusianos recién conquistados se sublevaran contra la Orden Teutónica, poniendo a esta en grandes aprietos. La sublevación fue creciendo y muchos castillos de la Orden cayeron ante los paganos, los cuales incluso se atrevieron a atacar Livonia y Polonia. Pero a partir de 1265 la Orden recibió una ayuda masiva de cruzados alemanes, entre ellos el duque Alberto I de Brunswick, Enrique III de Turingia y el famoso rey Ottokar II de Bohemia, que además de ayudar a la Orden Teutónica aspiraba a conquistar Lituania. Estas ayudas permitieron a la Orden derrotar completamente a los prusianos paganos, que se rindieron definitivamente en 1277.

A consecuencia de la rebelión, los prusianos perdieron los derechos recibidos en el anterior Tratado de Christburg, con el que finalizaba la primera rebelión prusiana, y fueron convertidos en siervos sin ningún derecho (eran considerados “esclavos de Cristo”). Para escapar de este destino muchos de los paganos prusianos huyeron a Lituania para evitar convertirse al cristianismo. En 1284 se dio por concluida la pacificación de Prusia y la Orden Teutónica comenzó a repoblar el territorio desolado con colonos alemanes. A partir de entonces y hasta el siglo XX, Prusia sería étnicamente germana.